新株予約権の取得者側の処理は、行使した新株予約権の保有区分に応じて、時価か簿価か（損益を認識するかしないか）が決まります。
新株予約権を売買目的で保有していた場合は、時価で振り替え損益を認識しますが、
その他で保有していた場合は、簿価で振り替え損益を認識しません。

理由は良く分かりません（笑）

ちなみに、
有価証券の保有目的の変更では、「売買⇒その他」「その他⇒売買」のいずれも時価で振り替え損益を認識します。

・・・・・・良く分かりません。