いえいえ、やってることは同じですよ。
勘定連絡図を思い出してください。

ざっくり言えば、こんな感じです。
＜個別原価計算＞
１、材労経をそれぞれ、各指図書の直接費と間接費に分類
２、直接費を各指図書に賦課、間接費を各部門に配賦
３、補助部門費を製造部門に配賦(製造間接費勘定の中の話)
４、製造部門費を各指図書に配賦(製造間接費勘定から仕掛品勘定へ)
⇒各指図書の原価が計算される。

＜総合原価計算＞
１、材労経をそれぞれ、各工程の個別費と共通費に分類
２、個別費を各工程に賦課、共通費を各工程に配賦
３、補助工程費を製造工程に配賦(製造間接費勘定の中の話)
４、製造工程費を各製品に配賦(製造間接費勘定から仕掛品勘定へ)
５、累加だの非累加だの先入先出だの平均だので計算(仕掛品勘定の中の話)
⇒各製品の原価が計算される。

>工程別総合原価計算では、切削部門（第一工程）から組立部門（第二工程）へと原価を積み上げて計算しますよね？（累加法）
総合原価計算の５の部分の話ですね。

>どうして部門別個別原価計算では各製造部門ごとに原価を集計し、それぞれ仕掛品勘定へ振り替えるのでしょうか。
個別原価計算の４の部分の話ですね。

このように、段階の違う話がこんがらがってます。
個別でも総合でも4まではほぼ同じです。(部門(工程)に集計される原価の範囲は違いますが…)
個別では、指図書に集計された原価が、そのまま指図書の状態に応じて、売原、期末製品、期末仕掛品となります。総合では、製品に集計された原価を、さらに、完成したものと期末仕掛品に案分しなきゃいけないので５が必要になります。
(個別でも総合の５に相当するであろう手続きもありますが、簡単に説明するために無視してます。)

ただ、総合の場合は計算してると４⇒５⇒４⇒５・・・みたいに見えるので、なんか気持ち悪いというのはわかります。