独立した法人として評価するとしたら「本店売上」とか「支店仕入」とかです。
ちょうど、工業簿記の部門間の材料や仕掛品の内部振替とかも同様です。
本店や支店の偉い人はパフォーマンスを評価され責任を負っているといえます。（本店は微妙かもしれませんが）
そんななか、その偉いさんは自分の報酬や昇進と無関係な利益が計上されない取引に、モチベーションを感じないわけです。
もしかしたら支店同士でお客さんを奪い合ったり、あえて商品を売らないとかあるかもしれません。
それは全社的にはマイナスなわけで、利益を付加して支店の偉い人のモチベーションと全社的な利益最大化を図っているわけです。

例えば○×事業部長という人たちは、社長や取締役会から、「前年比xx%増の事業部利益」とかのノルマや目標をかせられていることがありますよね？
同様に、支店長（偉い人）も支店の利益に責任を負っているといっていいでしょう。
その上で、仮に本支店間取引に内部利益が付加されていなければ、その取引に支店長はモチベを感じませんよね？
なぜなら利益がでない（社長たちに評価されない）取引になってしまうわけで、それなら外部のお客さんに売るほうがいいとか。
もしかしたら、”今まで内部取引していた支店”には売らずに、その支店のお客さんに直接販売して、利益を乗せようとするかもしれないわけです。（本支店間取引で”直接支店の取引先に販売”の仕訳はそういう意味です。確認してみてください）
つまり、『内部利益を付す』というのは、上記の通り支店や支店長の評価を適切に行うためという理由が１つあるのです。
もう一つは、全社的な経営戦略のためというのがあるでしょう。どこの支店は儲かっているとか、を知りたいという理由。このためにも内部利益は必要ですよね？

総じて言えるのは、支店F/Sとか本店F/Sとかは、『内部管理用』であり公表する必要はない資料なので、それぞれの企業ごとの評価・戦略のために使われているということです。（厳密には公表する部分もありますが）