例えば○×事業部長という人たちは、社長や取締役会から、「前年比xx%増の事業部利益」とかのノルマや目標をかせられていることがありますよね？
同様に、支店長（偉い人）も支店の利益に責任を負っているといっていいでしょう。
その上で、仮に本支店間取引に内部利益が付加されていなければ、その取引に支店長はモチベを感じませんよね？
なぜなら利益がでない（社長たちに評価されない）取引になってしまうわけで、それなら外部のお客さんに売るほうがいいとか。
もしかしたら、”今まで内部取引していた支店”には売らずに、その支店のお客さんに直接販売して、利益を乗せようとするかもしれないわけです。（本支店間取引で”直接支店の取引先に販売”の仕訳はそういう意味です。確認してみてください）
つまり、『内部利益を付す』というのは、上記の通り支店や支店長の評価を適切に行うためという理由が１つあるのです。
もう一つは、全社的な経営戦略のためというのがあるでしょう。どこの支店は儲かっているとか、を知りたいという理由。このためにも内部利益は必要ですよね？
総じて言えるのは、支店F/Sとか本店F/Sとかは、『内部管理用』であり公表する必要はない資料なので、それぞれの企業ごとの評価・戦略のために使われているということです。（厳密には公表する部分もありますが）
