独立した法人として評価するとしたら「本店売上」とか「支店仕入」とかです。
ちょうど、工業簿記の部門間の材料や仕掛品の内部振替とかも同様です。
本店や支店の偉い人はパフォーマンスを評価され責任を負っているといえます。(本店は微妙かもしれませんが)
そんななか、その偉いさんは自分の報酬や昇進と無関係な利益が計上されない取引に、モチベーションを感じないわけです。
もしかしたら支店同士でお客さんを奪い合ったり、あえて商品を売らないとかあるかもしれません。
それは全社的にはマイナスなわけで、利益を付加して支店の偉い人のモチベーションと全社的な利益最大化を図っているわけです。